Endometrioza może być leczona zarówno w sposób konwencjonalny, jak i metodami naturalnymi, począwszy od leków hormonalnych i zabiegów chirurgicznych, aż po środki ziołowe. Czasami objawy choroby mogą być opanowane, jednak po przelewaniu leczenia zwykle powracają. Po zaprzestaniu miesiączkowania (menopauza) objawy zazwyczaj ustępują, ale u kobiet stosujących hormonalną terapię zastępczą (estrogeny) mogą się utrzymywać.
W celu wykluczenia innych potencjalnych przyczyn dolegliwości lekarz zwykle przeprowadza badanie ginekologiczne. Rozpoznanie endometriozy może być postawione wyłącznie na podstawie badania laparoskopowego. Polega ono na wprowadzeniu do jamy brzusznej cienkiego narzędzia (poprzez małe nacięcie powłok brzusznych), dzięki czemu możliwe jest dokładne przyjrzenie się wszystkim narządom zlokalizowanym w miednicy. Laparoskopię wykonuje się w znieczuleniu ogólnym. W trakcie badania, w celu dokładnego ustalenia rozpoznania, możliwe jest także wykonanie biopsji.
Wielu lekarzy sądzi, że dla kobiet, które chcą mieć dzieci, zajście w ciążę może stać się sposobem leczenia. W okresie ciąży dochodzi do złagodzenia objawów endometriozy, wynika to z czasowego zaniku cykli miesiączkowych. U niektórych kobiet endometrioza nie powraca po porodzie.
W innych przypadkach lekarz może zalecić codzienne przyjmowanie tabletek antykoncepcyjnych, przez 9 miesięcy lub dłużej. Takie leczenie hormonalne niejako zastępuje ciążę (zanikają krwawienia miesiączkowe i tym samym krwawienia z nieprawidłowo ulokowanych komórek endometrium) i może być skuteczne, ale nie jest tak dobre, jak zajście w ciążę; objawy chorobowe z reguły powracają po zakończeniu kuracji.
Jeśli leczenie hormonalnymi środkami antykoncepcyjnymi nie przyniesie efektu, lekarz może zalecić podanie androgenów (męskich hormonów płciowych). Danazol i nafarelin, leki o działaniu hormonalnym, hamują normalną grę hormonalną w organizmie kobiety, zanika miesiączkowanie i krwawienie z tkanek endometrium położonych w nietypowych miejscach. Jednakże danazol ma działanie maskulinizujące, które może być nieodwracalne. Dochodzi do zwiększenia owłosienia i (rzadko) zmiany barwy głosu. Danazol nie może być przyjmowany przez zbyt długi okres. Tego typu leczenie nie prowadzi do całkowitego rozwiązania problemu. Dopóki implanty endometrium pozostają poza obrębem macicy, dopóty po odstawieniu leków hormonalnych ponownie dochodzi do ich uczynnienia w czasie miesiączki.
Leki przeciwbólowe łagodzą objawy endometriozy, ale nie likwidują przyczyny choroby, nie mają bowiem wpływu na cykliczne zmiany, którym podlegają implanty endometrium.
Jeśli rozrost implantów endometrium jest gwałtowny, a leczenie farmakologiczne nie przynosi spodziewanych efektów, lekarz może zalecić zabieg chirurgiczny. Objawy powinny ustąpić całkowicie po usunięciu wszystkich implantów endometrium zlokalizowanych poza macicą. Niektóre fragmenty implantów mogą pozostać nieusunięte i odrastają. Będzie to przyczyną powrotu objawów. Do takiej sytuacji może dojść, nawet gdyby leczenie operacyjne polegało na usunięciu macicy. Dlatego lekarz, niezależnie od uprzednio przeprowadzonej operacji, może zalecić kontynuowanie leczenia farmakologicznego.